L’agriculture occupe près du tiers de la surface du Territoire de Belfort ; cela représente environ 20 000 hectares, gérés par un peu moins de 200 exploitants agricoles.
Les exploitations sont essentiellement tournées vers l’élevage bovin (production de viande, de lait). Mais le Territoire de Belfort produit aussi ovins, porcins, volailles, cerfs, escargots, céréales, ainsi que fruits et légumes.
Les agriculteurs commercialisent leurs productions principalement par des circuits longs, industriels. Toutefois, leur intérêt pour les circuits de proximité s’accroît tout comme la demande de consommation de produits locaux dans l'Aire urbaine Belfort-Montbéliard-Héricourt-Delle. D'ores et déjà, certains producteurs proposent en vente directe des fruits, des légumes, de la charcuterie, de la viande, des produits laitiers (yaourts, fromages) ou encore à base d'escargots.
Au delà de l’enjeu économique, l’agriculture participe à la gestion de l’espace rural et donc à la richesse des paysages et du patrimoine naturel du département. Les sites du réseau européen Natura 2000 que compte le Territoire de Belfort en témoignent ; ils sont principalement composés de surfaces agricoles qui abritent une faune et une flore remarquables et bénéficient à ce titre de mesures spécifiques de protection de l'environnement qu'accompagne le Département.